Les responsabilités s’exercent d’abord au sein de la Caisse Locale, ensuite au niveau de la Fédération. Elles sont chaque année encadrées par une Assemblée Générale des sociétaires pour apprécier le bilan de l’exercice passé et pour renouveler par élection démocratique les membres (Élus bénévoles) du Conseil d’Administration et des autres entités de la Caisse Locale.
Les autres responsabilités sont assurées par le Conseil d’Administration Fédéral (élu par les Présidents de l’ensemble des Caisses), le Conseil de surveillance, le Comité de gouvernement et la Direction Générale. Le Conseil d’Administration est garant des textes et engagements de l’entreprise, il valide la politique stratégique de la Direction Générale, et le Conseil de surveillance contrôle l’action de celle-ci.
La Direction Générale des MUCODEC, en dehors d’implémenter sa stratégie et de faire des choix d’encadrement technique (formation, technologies…), s’occupe également des rapports avec les partenaires institutionnels (organismes nationaux et internationaux du secteur de la finance) et avec le Gouvernement.
La subsidiarité est un principe de base. L’organisation décentralisée permet de maintenir la prise des décisions au plus proche des besoins des sociétaires, favorisant la responsabilité et l’esprit d’entreprise.